ฟันคุดทำให้ฟันกรามใหญ่ข้างเคียงผุ ซอกฟันระหว่างฟันคุดกับฟันกรามซี่ที่ 2 ที่อยู่ชิดกันนั้น ทำความสะอาดได้ยาก เศษอาหารจะติดค้างอยู่ทำให้เกิดฟันผุได้ หากผ่าฟันคุดช้าเกินไปจนเกิดฟันผุ คนไข้มักจะต้องเอาฟันกรามใหญ่ และฟันคุดออกพร้อมกัน

ฟันคุดทำให้เศษอาหารเข้าไปติดอยู่ใต้เหงือกและไม่สามารถทำความสะอาดได้ เชื้อแบคทีเรียสะสมจนทำให้เหงือกอักเสบ ปวด บวม เป็นหนอง มีกลิ่นปาก หากทิ้งไว้การอักเสบจะลุกลามไปใต้คางหรือใต้ลิ้น ซึ่งจะทำให้เกิดการแพร่กระจายของเชื้อโรคไปยังส่วนอื่นๆ ของร่างกายได้ อาจถึงแก่ชีวิต

ในการจัดฟันเพื่อแก้ไขฟันหน้าซ้อนเก มักต้องถอนฟันคุด ออกก่อนเพื่อให้ง่ายต่อการเคลื่อนฟันซี่อื่นๆ และแรงดันของฟันคุดยังมากพอที่จะผลักให้ฟันข้างเคียงรับแรงกระทบต่อๆ กันไปจนทำให้การแก้ไขฟันหน้าบิดซ้อนเก

ฟันคุดอาจทำให้เกิดการละลายตัวของกระดูก แรงดันจากฟันคุดที่พยายามดันขึ้นมาจะทำให้กระดูกรอบรากฟันหรือรากฟันข้างเคียงถูกทำลายไป อาจจะกระทบกระเทือนต่อการมีชีวิตของฟันกรามซี่ที่ติดกันได้

ฟันคุดที่ทิ้งไว้นาน เนื้อเยื่อที่หุ้มรอบฟันคุดอาจจะขยายใหญ่ขึ้นกลายเป็นถุงน้ำโดยไม่แสดงอาการ ในที่สุดเกิดการทำลายฟันซี่ข้างเคียงและกระดูกรอบบริเวณนั้น

ถุงน้ำที่ขยายตัวเป็นระยะเวลานานจะส่งผลให้ใบหน้าเอียง หรือขากรรไกรข้างหนึ่งใหญ่กว่าอีกข้าง ถ้าหากผ่าตัดออกได้ไม่ทันท่วงที อาจเกิดการสูญเสียขากรรไกรบางส่วนได้

ฟันคุดบนหากไม่รีบเอาออก โพรงไซนัสจะย้อยต่ำลงมา การผ่าฟันคุดออกอาจทำให้เกิดรอยทะลุระหว่างช่องปากและโพรงไซนัสได้

ฟันคุดด้านล่างหากไม่รีบเอาออก รากฟันที่ยาวจะไปเกี่ยวเส้นประสาทที่อยู่ในขากรรไกร ทำให้เกิดอันตรายต่อเส้นประสาทส่งผลให้เกิดอาการข้างเคียงได้ เช่น อาการชาบริเวณแก้ม และริมฝีปาก